A mosolygós pápa váratlan halálának következtében, 1978. október 10-én az év második pápaválasztás kezdődött meg a Sixtus-kápolnában. A pápaválasztó testületbe mind az öt földrészről (114 bíboros) utaztak Rómába. Az esélylatolgatásnál egyértelműen mindenki olasz pápát várt, bár felmerült, ami igazi szenzáció lett volna, külföldi pápa lehetősége is. Itt leginkább brazil, argentin, holland bíborosok neve merült fel. Karol Wojtyláról egy szó sem esett az esélyesek felsorolásánál.  Az első választáson újra egymásnak feszült az előző konklávén is egymással viaskodó genovai Siri és a firenzei Bellinni bíboros. Ők ketten szimbolizálták a reformpártiak és a hagyományokhoz mereven ragaszkodók harcát. A választás első napjának végére világos lett, hogy a két esélyes patthelyzetet idézett elő. Képtelenség volt, hogy akár Siri, akár Benelli megszerezze a szavazatok több mint kétharmadát. A rivális csoportok túlságosan nagyok voltak ahhoz, hogy kiegyezzenek egymással, és ezzel biztossá vált egy külföldi jelölt befutása. De honnan érkezzen? Nyugat-Európából? A harmadik világból? Netán egy szocialista országból? És a vatikáni ügyekben jártas diplomatát válasszanak vagy inkább a hívek szívéhez közelebb álló lelkipásztort?
Karol Wojtyla nevét régi barátja, a már említett osztrák König bíboros vetette fel, és a legnagyobb meglepetésre támogatottsága fokozatosan nőtt. Váratlan népszerűségét annak köszönhette, hogy I. János Pálhoz hasonlóan pásztorpápát kerestek, és a nagy olaszok kiesése után, 58 évével minden idők harmadik legfiatalabb egyházfője lehetett, aki képes elvezetni az egyházat a huszadik századból a huszonegyedikbe. A szükséges szavazatok számát azonban sokáig nem tudta megszerezni. Az argentin és holland bíborosok támogatói sokáig ellenálltak. A hetedik szavazás után a feszültség már kézzelfogható volt a konklávén. A bíborosok tudták, hogy ha nem tudnak pápát választani, az egyház mély válságba kerül. Végül Sebastiano Baggio bíboros határozott fellépésének köszönhetően, a nyolcadik titkos szavazáson Karol Wojtyla megkapta a szavazatok kétharmadát, és felszállhatott a fehér füst.
Bár I. Szaniszló nevet kívánta felvenni, de az elődje iránt érzett szeretet és tisztelet, és az egyház politikájának folyamatosságát jelezvén II. János Pál pápa lett. Megtörtént, amire a választás előtt kevesen gondoltak, hogy 455 év után nem olasz nemzetiségű ember lett a pápa, és az összes addigi főpap között Ő az első szláv. Így teljesült be I. János Pál pápa jóslata, „Azért használom az I. megjelölést, mert nem sokáig leszek pápa, és úgy gondolom, hogy az utódom is János Pál lesz…”