2003. márciusában, az iraki háború előtti hetekben és napokban János Pál messze túlszárnyalta Nyugat-Európa vezetőit pacifizmusában. Ellentétben azzal az állásponttal, hogy csak az ENSZ hozhat határozatot a háborúról, illetve annak megkezdéséről Irakban, a pápa még a világszervezettől is megvonta ezt az előjogot azzal a kijelentésével, hogy "az erőszak és fegyverek sohasem oldhatják meg az ember problémáit."
1978-ban, amikor Karol Wojtylát pápává választották, Európát megosztotta a kommunisták által a II. világháború után emelt vasfüggöny. II. János Pál az elítélő nyilatkozatokon túlmutató, igazi tanítómunkát végzett a kelet- és közép-európai országok fölszabadulása érdekében.
II. János Pálnak spirituálisan és diplomáciailag egyaránt meghatározó szerepe volt abban, hogy a közép- és kelet-európai kommunista rendszerek a nyolcvanas évek végén összeomlottak, s hogy ez a Balkánt és Romániát kivéve vértelenül zajlott. A vasfüggöny mögül érkezett Szentatyánál senki sem hajthatott volna végre határozottabb fordulatot a Vatikán keleti politikájában.
Először 1979 júniusában tért vissza szülőhazájába, Lengyelországba. Nagyszerű, lelkesítő beszédeiben többek között az emberi méltóságról, a mindenkit megillető szabadságjogokról, a hazaszeretetről, a keresztény értékekről szólt, s nagy hangsúlyt helyezett az egymás iránti szolidaritásra. Ez utóbbi kifejezést különösen hangsúlyozta, és többször is említette útja során.
Egyértelműen modern egyházfő volt abban a tekintetben, hogy kiválóan használta fel a tömegkommunikáció adta lehetőségeket és lelkipásztori útjait az evangelizáció céljaira, egyúttal igyekezett leépíteni a pápaság barokkos pompáját.
II. János Pál az Ut unum sint – „Hogy egyek legyenek” kezdetű enciklikájában, fejtette ki megmásíthatatlan elkötelezettségét a keresztény egység keresésére. Javasolta, hogy a keleti keresztények és a protestánsok segítsenek neki átgondolni azt a módot, amellyel péteri hivatalát Krisztus egész egyháza egységének szolgálatában betöltheti. Ennek a folyamatnak a jegyében, és a megbékélés érdekében több esetben bocsánatot kért a Katolikus Egyház képviselői által a történelem folyamán különböző személyek vagy csoportok ellen elkövetett bűnökért, többek között a következőkért: