Pápai tevékenységét végigkísérte a népek és vallások közti egyetértés elősegítése. Erkölcsi tanításában konzervativizmus valamint az emberi élet és méltóság melletti kiállás jellemezte. Társadalmi kérdésekben egyaránt kritizálta a „létező” szocializmust és a kapitalizmust. Szorgalmazta a keresztény gyökerek megemlítését az Európai Unió alkotmányában.
Több mint 100 utazást tett külföldre, (az első Mexikóba és Dominikába vezetett) nagyobb utat járt be, mint az összes addigi pápa. A világsajtó hamar elkeresztelte „utazó pápá”-nak. 1338 embert avatott boldoggá és 482-t szentté. Boldoggá avatta többek között Kalkuttai Teréz anyát 2003-ban; a magyar szentek közül ő avatta szentté Kingát, IV. Béla király egyik lányát 1999-ben, valamint Hedviget, Nagy Lajos leányát.
Pápasága alatt II. János Pál 14 pápai enciklikát (körlevelet) adott ki. Első három enciklikája a Szentháromságban egy Isten titkát tárgyalja. A második jelentős csoport a társadalmi tanítás kérdéskörét taglalja. Ezeken kívül további öt enciklikája egyháztani, három pedig antropológiai kategóriába sorolható. II. János Pál pápa számos erkölcsi kérdésben egyháza hagyományaihoz híven konzervatív álláspontot képviselt, ugyanakkor más területeken (főként a Katolikus Egyház addigi irányvonalához képest) liberálisabbnak számított.
A pápa az élethez való jog nevében felemelte szavát az abortusz, az eutanázia, a halálbüntetés és a fogamzásgátlás ellen. Az emberi élet védelme, a béke, az egyik legfontosabb helyet foglalta el II. János Pál tanításában.
„A béke az ember sérthetetlen jogainak tiszteletben tartása, a béke az igazságosság gyümölcse, míg ezzel ellentétben, a jogok megsértéséből születik a háború, amely a jogok még súlyosabb sérelmeit hozza magával. Ha az emberi jogokat békeidőben sértik meg, ez különösen fájdalmas., és össze nem egyeztethető semmiféle önmagát humanistának mondó programmal.”
Háborúellenességében János Pál tulajdonképpen elődjének megrendíthetetlen állásfoglalását követte, amikor is 1965-ben VI. Pál éppen az ENSZ előtt kiáltotta ki félreérthetetlenül: "Háború, soha többé!" Emlékezetes, hogy 1991-ben, az első Irak elleni hadjárat idején, a pápa akkor is megtagadta a háború igazságosságát, amikor az ENSZ rányomta erre jóváhagyó pecsétjét. George Bush elnököt II. János Pál figyelmeztette, hogy „az amerikai elnök is Istennek válaszol majd cselekedeteiért. Az, aki azt határozza, hogy a nemzetközi törvény által nyújtott békés megoldások kimerültek, nagy felelősséget vállal Isten, a lelkiismerete és a történelem előtt" - mondta 1991. március 18-án.