Ágnes Prágában született 1205-ben. Apja I. Ottokár cseh király, anyja Konstancia, III. Béla királyunk leánya volt.
A kor szokásának megfelelően apja már fiatalon eljegyezte a gyermeket a sziléziai herceg, Henrik egyik fiával. Ágnes így elkerülhetett a prágai udvarból és jövendő férje édesanyjának, a későbbi Szent Hedvignek gondjaira bízták, aki a trebnitzi cisztercita nővérek kolostorában helyezte el őt. Ez a kolostor volt Hedvig legkedvesebb alapítása, s az a három év, amit Ágnes ezeknél a magasan művelt nővéreknél töltött, döntő hatással volt egész életére. Amikor Ágnes jegyese egy vadászaton szerencsétlenül járt, a kislányt hazavitték Prágába, és egy időre a premontrei nővérekre bízták Doksonyban.
Édesapja ezután II. Frigyes császárral jegyezte el, amit apja halála után Ágnes pápai engedéllyel felbontott, mert elhatározta, hogy Krisztusnak szenteli magát és szerzetesnő lesz. Elhatározásában nem kis szerepe lehetett a trebnitzi kolostorban szerzett tapasztalatainak, és unokahúga, Árpád-házi Szent Erzsébet akkor már messzi földön ismert életpéldájának.
1234-ben belépett a Klarisszák prágai kolostorába. Assisi Szent Klárával igen jó barátságban volt, levelet is váltottak egymással. Ágnes buzgólkodása folytán templom és kórház is épült, ahol főleg pestises betegekkel és árvagyerekekkel foglalkoztak. Az egykori nyomornegyedből karitatív központ lett. Ágnes kolostora olyan vonzerőt jelentett, hogy II. Ottokár legidősebb leánya, valamint a legelőkelőbb nemesi családokból 12 leány kérte a fölvételét. Hamarosan újabb és újabb kolostorokat tudtak alapítani. Ezekben a kolostorokban úgy tartották a szegénységet, mint az Assisi melletti San Damianóban Szent Klára körül. A nővérek, akik gyermekkorukat többnyire fényűzésben és bőségben töltötték, új életet kezdtek: kemény vezeklésben és a legteljesebb szegénységben táplálták, ápolták és gondozták a szegényeket, Krisztus legdrágább testvéreit. Ágnes kolostorai egészen 1782-ig, II. József szerzetesrend feloszlató rendeletéig megmaradtak. Ágnes templomokat építtetett Assisi Szent Ferenc, Mária Magdolna és Szent Borbála tiszteletére.
Hetvenhét éves korában, 1282. március 2-án halt meg Prágában. Sírját 1930-ban tárták fel a régi Jakab-templomban. II. János Pál pápa avatta szentté 1989. november 12-én.